El actual esquema organizativo para la gestión del Plan Chiloé considera los siguientes roles: 

Dirección General de Obras Públicas (DGOP):  Encargada de la dirección,  seguimiento y control general del plan, por encargo directo del Sr. Ministro.

Coordinador Ejecutivo: Encargado de la coordinación operativa, seguimiento y control de gestión del plan.  Funcionalmente reporta a la DGOP.

Coordinador Territorial:.  Trabaja estrechamente con el Coordinador ejecutivo y depende directamente de la DGOP.

Comité Técnico: Mesa de coordinación operativa de los distintos servicios ministeriales que participan del Plan, integrada por los jefes de planes sectoriales

La coordinación interministerial del Plan es conducida a nivel central por la Subsecretaría de Desarrollo Regional y a nivel regional por la Gobernación de la Provincia de Chiloé.